У відділі "Раннє християнство" експонуються пам'ятки, що дозволяють висвітлити історію християнства від І до ХІ ст. н.е.
До автентичних експонатів, що датуються цим періодом, належать монети, викарбувані в період правління імператорів Октавіана Августа, Нерона і Діоклетіана, а також теракотовий світильник ІV-VІ ст. н. е., що був виготовлений для християнської сім'ї - про це свідчить рельєфне зображення хреста на ньому. І незважаючи на те, що в нашій експозиції не так багато експонатів, датованих саме історичним періодом раннього християнства, інші культові і мистецькі пам'ятки відображають ті ж ідеї, що формувались протягом перших століть нашої ери.
Це і добірка цінних західноєвропейських сакральних картин та українських ікон ХV-ХХ століть, літургійний посуд ХV-ХХ століть, і сакральна скульптура, і рідкісні книги, у тому числі видання друкарні львівської Ставропігії, та багато іншого. Серед експонатів слід виокремити ікону "Богородиця на престолі" ХV ст. Унікальність цього твору полягає не тільки у великій історичній цінності, а й у високопрофесійному виконанні та трактуванні композиції, якому практично немає аналогів. Композиція "Богородиця на престолі" є однією з найдавніших у християнському мистецтві.
Після 24 лютого 2022 року вся постійна експозиція музею, в тому числі пам’ятки з відділу були демонтовані з вітрин і сховані в надійному сховищі.
