Львівський музей історії релігії є українським науково - методичним центром музейного релігієзнавства.

Сьогодні в структурі музею функціонує науково – методичний відділ.
І. Одним з основних завдань науково – методичного відділу є надання методичної допомоги в науково – дослідницький, збиральницькій, фондовій, експозиційній і науково – просвітницькій роботі освітній роботі закладам і установам Міністерства культури і туризму України, і зокрема з проблем музейного релігієзнавства. У вирішенні цієї задачі значне місце займає науково – методичні музейні стажування, які проходили у 80-90-х рр. А з 2007 р. проводиться тематичний семінар „Релігія і  культура? основи взаємодії і співпраці” системи підвищення кваліфікації працівників Міністерства культури і туризму України. (План тематичного семінару „Релігія і  культура? основи взаємодії і співпраці” представлено далі).

ІІ. Сферою науково – методичного відділу є також музейна педагогіка:
1) розробка і здійснення загальноосвітньої програми по історії релігії з використанням сучасної методики;
2) організація і проведення семінарів та конференцій для вчителів спільно з Інформаційно – методичним центром освіти м. Львова;
3) підготовка музейних методичних видань для педагогів (посібники, буклети, програми і т.д.).

ІІІ. ЛМІР проводить музейну практику для студентів гуманітарних  факультетів Львівського національного університету ім. Ів. Франка, а також інших вищих учбових закладів м. Львова. Заняття проходять у різних формах:
- екскурсійно – лекційні заняття знайомлять із загальними проблемами
музейного релігієзнавства і конкретними експозиційними питаннями.
- практичні заняття дають навички роботи з конкретними музейними експозиційними матеріалами. (Приблизний план практики студентів представлено далі).

ІV. Науково – методичний відділ здійснює методичний і інформаційний супровід освітнього процесу з питань релігієзнавства в установах освіти і культури.